В 1942 году Япония вторглась и оккупировала
Голландские Восточные Индии. Реквизиция урожая
привела к лишениям, а не-индонезийцы были
заключены японцами в тюрьмы или депортированы.
Оккупация подстегнула силы национализма.
Во главе националистов стоял яванский интеллектуал
Сукарно, который провозгласил независимость
17 августа 1945 года, за два дня до капитуляции Японии.
Однако голландцы вернулись, чтобы вернуть свои колонии, столкнувшись с яростным сопротивлением. На Бали они добились политической опоры среди бывшей знати. Молодежь, стоящая на стороне республики, вела партизанскую войну до ноября 1946 года, когда 94 бойца за свободу под командованием Густи Нгурах Рай погибли в пупутане в
Марге. Несмотря на эту победу, голландцы были в неустойчивом положении. Три года спустя они вынуждены были покинуть Индонезию, передав суверенитет 27 декабря 1949 года.
Разоруженность обещанной независимостью процветания не наступило много лет. Партизанские отряды бродили по островам архипелага. Последующие правительства, либо бессильны, либо слишком националистичны, отталкивали иностранных инвесторов. Считалось, что высшая гора Бали, Гунунг Агунг, вымерла, однако она изверглась в 1963 году, убив тысячи людей, разрушив Восточную Бали и вызвав голод. Политическая поляризация усугублялась.